Den jyske længdebane på strækningen mellem Randers og Aalborg åbnede i 1869, og samme år fik byen sin station.

Hobro hører til Himmerland, selvom den centrale del af byen mellem jernbanen og fjorden indtil 1970 lå i Onsild Herred i Randers Amt. Forstæderne Hald Tostrup og Hørby Skoleby (ved Rosendalsskolen) lå derimod i Hindsted Herred i Aalborg Amt. Efter 1970 hørte hele Hobro til Nordjyllands Amt.

Den daværende Hobro Kommune havde kommunesæde i byen, men siden 2007 har kommunen hørt til Mariagerfjord Kommune, der blev dannet sammen med Hadsund, Arden og størstedelen af Mariager Kommune.